Значит так, сперва я определил целостность образа - для этого использовал эмулятор консоли на компьютере. Образ диска запускается через эмулятор, но в USB Advance вызывала белый экран. С помощью Apache 2 открыл образ диска и определил главные исполнительные файлы. Обычно их расширение должно состоять из цифр. В моем примере были NORG_000.00, NORG_ENG.00 и NORG_RUS.00. Опытным путем определил: NORG_000.00 - Файл мультизагрузочника
NORG_ENG.00 - Файл запуска английской версии игры
NORG_RUS.00- Файл запуска русской версии игры
Т.к. в последующем предстояла полная пересборка образа, решил найти официальную информацю по нему и использовал этот ресурс для определения кода и региона:
https://www.pcsx2.net/compat.php
Поскольку я заранее знал, что образ игры европейский (состоит из 5 различных языков), нашел необходимую информацию, а именно SCES 50295 по игре Dark Cloud на тот случай, если USB Advance использует региональную проверку.
Далее я извлек все файлы с помощью Apache 2 в отдельную папку. В SYSTEM.CNF через блокнот на первой строке прописал BOOT2 = cdrom0:\SCES_502.95;1 за место BOOT2 = cdrom0:\NORG_000.00;1 и переименовал файл NORG_RUS.00 на SCES_502.95. Далее создал карту диска через CD DVD-ROM Generator 1.50 и собрал образ с помощью Apache 2. Подробную информацию по сборке можно найти здесь:
https://shedevr.org.ru/forum/viewtopic.php?t=3719
После данной операции размер образа диска снизился примерно на гигабайт. Программа DkZ Studio стала без проблем открывать новый образ, хотя на оригинальном просто зависала. Конвертация через USBUtil ver 1.02, запись на флешку и вауля, все работает! Уже прошел около половины игры 
