Начало стандартное. Подцепи диск к компу (как второй, конечно). Загрузи винды (с системного HDD).

Запусти на компе hdldump. Зайди в настройки (кнопка Settings & Tools) и на вкладке Tools нашел кнопку Format Drive.
Для форматирования диска нужно чтоб он появился в выпадающем списке Select а Device, сделать это можно нажав на кнопку Refresh. Он появится, жмешь Format Drive и получится образец файловой системы на PS2 HDD.

Картинка
https://www.psx-core.ru/_fr/12/0654791.png

Ладно, тут я сделаю.

Ещё, не плохо было бы сюда образ от оригинально установленного PS2LINUX. Тот самый от Sony Playstation 2, устанавливающийся с диска на жд.

Но я думаю на этом тема загноится. Мало у кого будет столько совпадений, как
ЖД для PS2, USB клава, мышь, скаченные 2 диска-установочника и просто желание записать оригинальный PS2LINUX

Да, вряд ли кто-то выложит образ установленной системы.
Давай там, припаивай свой диск, и сам поставишь все что хочешь!

Есть вариант форматнуть HDD по сети, соединив соню с компом через кросс-кабель (ну или если сможешь подсоединить его к компу, то прям на компе) с помощью проги HDL Dump GUI:
https://www.consolenet.com/download/ps2/software/HDLDump_GUI_2.1.zip

Если у тя есть кросс-кабель, напиши в личку - напишу как настроить