Пересобрал. Most Wanted можно было не пересобирать, думаю, просто болванка попалась косячная.
А вот с Contra была проблема: когда пересобирал выяснилось, что файлы Контры лежат в секторах не в начале диска, а где-то в середине. Место до файлов контры занято, только не видно чем. Может какой-то рандомной датой - на каком-то англ. форуме нашёл парниша рекомендовал прогу, которая делает padding - может это оно и есть? Во всяком случае далее в этом форуме отписывались, что даже забивая непонятно какой датой случается так, как я писал выше.
При сборке Контры CDVDGen ругнулся, что слишком мало места я заполнил (менее 600000 секторов). Всё решилось просто: в начале диска кинул фильм на 2 гига, затем по LBA-порядку разместил файлы Контры (их было чуть меньше гига, но больше, чем 1 CD). Могу сделать вывод. Когда скачиваешь образ PS2 игрухи, если не лень, посмотреть с какого сектора начинаются файлы. Если где-то с >280-<400го - это норм, нет - лучше пересобрать.
Скачал тут ещё образов дисков - Neo Contra и Gauntlet Seven Sorrows.
Их объединяет то, что UltraISO не видит вообще никаких файлов внутри них! IsoBuster видит не все файлы. Вся надежда на Apache - отлично, он видит все файлы. Пришлось сначала перегонять образы из mdf в iso, выуживать файлы (в Apache папки распаковываются как файлы весом 1кб), затем собственноручно выписывать их LBA-последовательность и только потом возвращаться к инструкции. Плюс ещё если игра NTSC, то NTSC2PAL Y-Fix'ить.
Объединил свой опыт и ту статью, накатал в документ вёрд, который легко можно будет включить в F.A.Q. немножко подредактировав 
